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不仅仅是帝皇偶尔陷入恐怖的疯魔状态，雷霆战士本身面临巨大的问题，这些强大的旧战团暴露出和他们战力一样恐怖的毛病。寿命和失控。
帝皇只是停止对雷霆战士的补员，但后续战斗中陷入的精神错乱让他采取了更为积极的措施。根据阿里克·塔拉尼斯的说法，雷霆战士的毁灭之战是最后一役结束后进行的，由帝国唯一能击败雷霆战士的部队下手。而另一种说法认为雷霆战士在自身的劣化中发现了真相，从而将反叛的矛头对准帝皇。
但不论理由如何，传说一支由统领康斯坦丁·瓦尔多带领的禁军部队伙同数千名星际战士新兵在帝皇的防线上对雷霆战士进行了无情的淘汰。大多数雷霆战士都陷入疯魔状态，这时候帝皇突然使用强大的灵能力量将大部分失控的雷霆战士击晕，他们被放入帝皇制造的静置力场，深深埋入任何人都不知道的地下。
然而光是军事统一是不够的，人类还需要改善与修正，因此在战争胜利之前，帝皇和他的科学幕僚们便已经开始遗传学改良计划，这样做的首要目的是为了稳定人口，重建人类种群，就像被大规模杀伤性武器毁灭前的地球那样。
另一方面，这样做还是为了清理基因组，将人类回归到原初那样，银河系将属于人类，但人类仅限于获得帝皇眷顾那些的纯洁种群。在生物学复兴的同时，泰拉文明与行星政府也得以重建，皇帝建立了一个包罗万象的官僚机构去管理和复兴他的世界，并将那些古往今来的知识学识收入囊中。
泰拉的统一只不过是开始，在MK30中叶帝国完成对泰拉政府的重建工作后，帝皇前往火星面见了机械教，签署《火星条约》让泰拉与火星组成同盟，成为奠定人类帝国建立的真正基础。
纷争时代，旧世界的军阀也开始被帝皇打倒，罗兰和黑暗之王的战斗还在继续，只是两人那恐怖的无尽的战斗，把作为主人格的帝皇已经带入了濒死地步，现在的帝皇还不是后世那个拥有无尽信仰之力的人类之主，他的信仰皆送给了罗兰，让他有机会和黑暗之王战斗，否则依靠中古世界的信仰，罗兰远不是黑暗之王的对手。
微妙的平衡持续了许多时间，千年为单位的时间过去，战锤世界的基因原体被制造出来。
基因原体们，在基因意义上，是人类帝皇的二十位“子嗣”，亦是星际战士军团基因意义上的“父亲”。帝皇利用自己的DNA创造了这些理论上各机能远超普通人的超人：相较于普通人，他们体型大得多，身体强壮、坚韧得多
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